La regolazione della trascrizione negli eucarioti.

Come già detto nelle cellule eucariote la regolazione è più complessa. Innanzitutto ogni gene strutturale ha un proprio sistema di controllo e non necessita più di un' operone essendo trascritto separatamente; inoltre nel citoplasma vi sono molti organuli che necessitano di molte più proteine per la differenziazione delle cellule.

Quindi ci sono molti più fattori nella regolazione della trascrizione degli eucarioti

La trascrizione può avvenire solo in presenza di molta eucromatina, ovvero quando la cromatina si presenta in forma meno densa e più despiralizzata. Nelle regioni più condensate dei cromosomi (dove vi è l'eterocromatina) non ci sono geni codificanti per le proteine. Mano a mano che la cellula si specializza differenziandosi dalle altre aumenta il rapporto tra eterocromatina e eucromatina per sottolineare che le sequenze di DNA non necessarie alla cellula rimangono silenti.

Pur essendo molto più complessa, negli eucarioti la trascrizione è molto simile a quella nei procarioti:   l' RNA polimerasi si attacca al promotore e si muove lungo il filamento e le molecole trascritte vengono tradotte infine in proteine. Ciò che differenzia le eucariote dalle procariote è che nelle eucariote vi sono tre tipi di RNA (mRNA, tRNA, rRNA)  e che in esse il promotore è costituito da tre unità.

- La prima è quella che indica da dove deve avvenire la trascrizione; questa regione è detta TATA box perchè formata da una particolare sequenza nucleotidica a partire da 5'' (Timina-Adenina-Timina-Adenina- Adenina-Adenina). 

- Un'altra dista dalla TATA box circa 25 paia di basi azotate e vi si inserisce l'RNA polimerasi che da inizio         alla trascrizione; questa regione prende il nome di inizio della trascrizione e insieme alla TATA box  forma un complesso detto promotore basale; a esso si attaccano delle proteine dette fattori di trascrizione generali che controllano la trascrizione consentendo l'attacco dell' RNA polimerasi e sono cinque.

Si forma così il complesso pre-inizio, la struttura molecolare indispensabile alla trascrizione.

- Infine troviamo il sito degli elementi regolatori; questi elementi sono sequenze nucleotidiche del DNA dette enchancer o silencer che possono favorire o ostacolare l'inizio della trascrizione di un certo gene, allo stesso modo in cui negli eucarioti lo fanno gli attivatori o i repressori.

Durante l'inizio della trascrizione:

1- un attivatore si lega al relativo enhancer

2- un fattore di trascrizione si attacca al TATA box

3- si forma il complesso pre-inizio

Gli enhancer sono molto specifici a seconda della cellula e molto differenziati, ciò potrebbe spiegare l'espressione di certi geni.

Solitamente gli elementi regolatori sono distanti 50-100 basi azotate dal sito d'inizio, ma a volte possono essere distanti anche migliaia di nucleotidi; ciò comporta la necessità di un mediatore, che controlla la velocità dell'RNA polimerasi e "mette in contatto" questi elementi con il promotore.